完全化为废墟的超未来练马区。据说在很久以前，发生过一场与光子能有关的浩劫，但具体细节，更不要说真相了，现在还不清楚。光子能量实验室现在被植物侵蚀，它的遗迹被供奉在中心作为一座名为通天塔的纪念碑。

2117年。未来东京。怪人二十面相与明智侦探的战斗，历经7代后仍在继续。7代目小林少年所率领的少年侦探团，也仍然适度地将惊险的动作冒险夹杂在日常当中，悠然地度过每一天。但此时某个人物“怪人二十面相”却隐藏着恐怖的阴谋……。究竟7代目小林少年与7代目明智小五郎能否阻止怪人二十面相的暴走呢？